重慶醫(yī)科大學(xué)附屬兒童醫(yī)院于1956年由上海醫(yī)學(xué)院兒科系遷渝創(chuàng)建，是集醫(yī)教研為一體的國家三級甲等綜合性兒童醫(yī)院，國家兒童區(qū)域醫(yī)療中心（西南）、國家一流本科建設(shè)單位、國家兒童健康與疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心。
醫(yī)院是最早被國家授予兒科學(xué)碩士、博士學(xué)位授予點、博士后流動站，是首批兒科學(xué)國家重點學(xué)科、教育部重點實驗室、國家級國際科技合作示范基地、國家級繼續(xù)醫(yī)學(xué)教育基地、國家級教學(xué)團隊、國家精品課程、國家食品藥品監(jiān)督管理局藥物臨床試驗機構(gòu)、全國兒科唯一的住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)示范基地；國家級兒童早期發(fā)展示范基地、兒科唯一獲得肝移植資質(zhì)的兒童醫(yī)院、國家干細胞臨床研究備案機構(gòu)；擁有5個重慶市重點實驗室和3個工程中心。在全國最佳醫(yī)院排行榜中連續(xù)多年位居全國兒童醫(yī)院第三位。全國文明單位。
醫(yī)院是國家兒童區(qū)域醫(yī)療中心，承擔(dān)著重慶市及部分西部地區(qū)兒童急危重癥、疑難病癥的診療和專科醫(yī)療服務(wù)，并承擔(dān)人才培養(yǎng)、醫(yī)學(xué)科研及相應(yīng)公共衛(wèi)生和突發(fā)事件緊急醫(yī)療救援任務(wù)。現(xiàn)有渝中院區(qū)和兩江院區(qū)兩個院區(qū)，編制床位2480張，開放床位2200余張。2021年門急診量366.82萬人次，住院量10.22萬人次，外埠病人比例近40%。兒童重癥醫(yī)學(xué)、小兒呼吸科、新生兒科、小兒外科、兒科臨床護理獲國家臨床重點專科建設(shè)項目。
兒科學(xué)是我國最早成立的四大兒科系之一。兒科學(xué)院是我國規(guī)模最大的兒科醫(yī)師培養(yǎng)基地和全國住培示范基地，2019年首批獲批國家一流本科專業(yè)建設(shè)點。現(xiàn)有博士研究生導(dǎo)師46名、碩士研究生導(dǎo)師270余名（含兼職導(dǎo)師），高級職稱專家340余名。
歷代兒院人始終秉承“嚴謹、求實、創(chuàng)新、奉獻”的院訓(xùn)，以“一切為了兒童健康”為理念，以“科技和關(guān)愛”推動兒科事業(yè)的發(fā)展。立足西部、面向全國、走向世界，將充分發(fā)揮國家兒童區(qū)域醫(yī)療中心、國家一流本科建設(shè)點和國家住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)示范基地、國家臨床醫(yī)學(xué)研究中心和國家級國際科技合作示范基地的引領(lǐng)作用，以領(lǐng)先的醫(yī)療、教學(xué)、科研和管理水平推動中國兒童健康事業(yè)向前發(fā)展。
